Siehe auch ssh.
Grundsätzlich mit Angabe des Ports:
scp -P PORT DATEI USER@DOMAIN:/home/USER
Angabe des Public-Key:
scp -P 63999 -i .ssh/id_rsa /home/me/test.txt me@example.com:/home/me/
Rekursiv:
scp -r -P PORT VERZEICHNIS USER@DOMAIN:/home/USER